免疫親和純化技術常用于下面兩種情況。*種情況是抗肽抗體的制備。在制備抗肽抗體的過程中，要將抗肽抗體所針對的合成肽結合到載體蛋白上，以產生有效的免疫原性。針對肽—載體復合物的多克隆抗體產生后，通常并不能直接使用，而要從血清的大量混合抗體中分離出特異識別該肽段的抗體。免疫親和純化技術能達到兩個目的，一是將所需的抗體從針對載體蛋白的抗體中分離出來；二是濃縮特異性的抗肽抗體，提高其相對濃度。

 

    免疫親和純化抗體技術應用的第二種情況是用于多克隆抗體制備，  目的是去除不需要的抗體。特異及非特異的背景問題通常在用多抗時更為嚴重。去除非特異抗體的方法之一是用抗原柱純化所需抗體。這一方法能大大減少干擾免疫化學檢測結果的非特異性抗體。雖然有點麻煩，但能將低劣的抗血清變為有價值的試劑。

 

    這一方法的主要優勢是能將特異性抗體從多種抗體的混合樣本中分離出來。它的zui大的缺點是需要大量的抗原，而且特異性抗體所需的洗脫條件可能導致抗體活性的部分喪失。

 

    如果可用的抗原量很少，用免疫親和純化技術純化所需抗體就不合適。這種情況可以考慮用免疫印跡轉移到硝化纖維膜上的抗原來純化抗體，雖然這一方法純化的抗體量有限，但作為分析研究用已足夠。

 

    如果抗體不能穩定地從柱上洗脫，或洗脫下來的抗體不再結合抗原，應試用其他的洗脫條件。第九章詳細討論了免疫親和純化技術，這種方法可用于分離抗原。這兩種親和純化技術的原理是一樣的，第九章介紹的洗脫條件在這里也可以試用。

 

    有時少量的抗原能從抗原柱上洗脫。如果在某些檢測中，那些用親和純化獲取的抗體對抗原的污染敏感（如涉及酶活性的檢測），就必須檢測每一份抗體洗脫液中是否有抗原存在。